Về nguồn vốn đầu tư, Bộ GTVT cho biết theo quyết định phê duyệt giai đoạn 1 của dự án với chiều dài toàn tuyến 245km từ Nội Bài đến Lào Cai, tổng mức đầu tư là 19.984 tỉ đồng, trong đó chi phí xây lắp 11.618 tỉ đồng, tiền đền bù giải phóng mặt bằng 1.600 tỉ đồng. Tuy nhiên, chi phí thực tế về giải phóng mặt bằng hiện nay đã lên tới hơn 2.459 tỉ đồng. Đồng thời chi phí dự kiến các tỉnh sẽ phê duyệt để giải phóng mặt bằng và chi phí thực hiện các chương trình phục vụ giải phóng mặt bằng đến khi kết thúc chiếm khoảng 728 tỉ đồng, khiến nguồn vốn dành riêng cho giải phóng mặt bằng tăng thêm tới 1.587 tỉ đồng.

Theo Bộ GTVT, nguyên nhân chủ yếu gây phát sinh kinh phí giải phóng mặt bằng là do khối lượng đền bù, diện tích đất thu hồi sau khi kiểm đếm lại có sai lệch so với tính toán ban đầu. Đồng thời các chính sách của Nhà nước về áp giá đền bù tại thời điểm lập tổng mức đầu tư năm 2007 đến khi thực hiện hiện nay cũng tăng khiến chi phí cho đền bù tăng.

Theo đánh giá của Bộ GTVT, tiến độ triển khai thi công của các gói thầu hiện nay đều chậm so với kế hoạch đề ra. Vì vậy để đảm bảo tiến độ, Bộ GTVT đề nghị các địa phương có tuyến đường đi qua khẩn trương hoàn thành công tác giải phóng mặt bằng, hoàn thành các khu tái định cư để bàn giao. Về việc đảm bảo nguồn vốn, Bộ GTVT đề nghị Chính phủ cấp phát lại toàn bộ phần vốn đối ứng cho công tác giải phóng mặt bằng và rà phá bom mìn.