Vấn đề được quan tâm nhất là mối tương quan giữa tỉ lệ tốt nghiệp THPT và chất lượng giáo dục lần đầu tiên được Bộ GD-ĐT đề cập khá thẳng thắn tại hội nghị này thông qua những phân tích và con số thống kê cụ thể. Bộ GD-ĐT lưu ý tình trạng tỉ lệ đỗ tốt nghiệp THPT quá cao so với mặt bằng chất lượng giáo dục, các điều kiện kinh tế - xã hội... của địa phương, đặc biệt là một số tỉnh có kết quả thi tốt nghiệp THPT giữa hai năm liên tiếp quá chênh lệch: năm 2002 kết quả đỗ tốt nghiệp còn dưới 70%, năm 2003 đã tăng lên trên 90% như: Bến Tre (năm 2002 là 63,8%, năm 2003 là 90,1%), Bình Dương (68,07% và 90,93%), Tiền Giang (71,07% và 93,7%), Lai Châu (83,74% và 95,3%)...

Bên cạnh đó, còn có tình trạng một số tỉnh có tỉ lệ đạt từ điểm trung bình trở lên, tỉ lệ đạt điểm giỏi quá cao so với tỉ lệ chung của toàn quốc, mà theo Bộ GD-ĐT, ở mức “chưa sát thực tế”. Điển hình là tỉ lệ bài thi môn toán đạt điểm từ trung bình trở lên của Hà Tây là 91%, so với bình quân toàn quốc 64%; môn vật lý của Quảng Ninh 89%, so với toàn quốc là 69%; môn ngữ văn của Lai Châu 96,3%, so với toàn quốc là 85,3%...

Tương tự tỉnh Hà Tây có 21% bài thi môn toán đạt điểm giỏi (bình quân toàn quốc chỉ có 7%), môn tiếng Anh đạt 87,1% (toàn quốc có 36%); Lai Châu có 28,5% bài thi ngữ văn đạt điểm giỏi, trong khi bình quân cả nước là 5,3%; Trà Vinh có hơn 18,8% bài thi môn lịch sử đạt điểm tuyệt đối 10 điểm, 63% đạt điểm giỏi, trong khi cả nước bình quân là 20%...

Theo ước tính của lãnh đạo Bộ GD-ĐT, không dưới chín tỉnh có kết quả thi không phản ánh đúng chất lượng giáo dục của địa phương, do đã lỏng lẻo hai khâu coi thi và chấm thi.